Perbedaan yang menonjol antara primer PCR dan primer sekuensing adalah primer PCR penting untuk amplifikasi PCR untuk mendapatkan amplikon, sedangkan primer sekuensing penting untuk mengurutkan fragmen DNA untuk mengungkapkan sekuens nukleotidanya. Selanjutnya, dua primer PCR; primer maju dan mundur digunakan dalam PCR sementara sekuensing membutuhkan primer sekuensing tunggal. Selain itu, primer PCR khusus untuk sekuens yang akan diamplifikasi sedangkan primer sekuensing tidak selalu terkait dengan sekuens DNA target.
Primer PCR dan primer sekuensing adalah dua jenis sekuens oligonukleotida pendek yang bertanggung jawab untuk membantu inisiasi sintesis DNA in vitro .
Topik bahasan kami tentang:
- Apa itu PCR Primer – Pengertian, Karakteristik, Fungsi 2. Apa itu Sequencing Primers – Pengertian, Karakteristik, Fungsi 3. Apa Persamaan Antara PCR Primer dan Sequencing Primers – Garis Besar Karakteristik Umum 4. Apa Perbedaan Antara PCR Primer dan Sequencing Primers – Perbandingan Perbedaan Kunci
Istilah Utama
Forward Primer, PCR Primer, Reverse Primer, Sequencing Primers
Yang perlu anda ketahui tentang PCR Primer?
Primer PCR adalah urutan DNA pendek yang bertanggung jawab untuk memfasilitasi inisiasi sintesis DNA in vitro dalam proses yang disebut reaksi berantai polimerase (PCR). Umumnya, DNA polimerase adalah enzim yang bertanggung jawab untuk sintesis DNA. Namun, itu membutuhkan ujung 3′ OH untuk inisiasi replikasi DNA. Dengan demikian, RNA primase adalah enzim yang mensintesis in vivo primer RNA pendek pada titik situs awal replikasi DNA. Sementara itu, selama sintesis DNA in vitro di PCR, primer DNA digunakan.
Jenis
Selanjutnya, ada dua jenis primer yang digunakan untuk reaksi PCR tertentu. Mereka adalah primer maju dan mundur. Biasanya, primer maju menganil untai antisense dari DNA untai ganda. Sebagai perbandingan, anil primer terbalik ke untai indera. Secara umum, untai antisense berjalan dalam arah 3′ hingga 5′ sedangkan untai indra berjalan dalam arah 5′ hingga 3′. Namun, primer maju dan mundur mengapit urutan DNA target yang akan diamplifikasi.
Gambar 1: Primer Maju dan Mundur
Desain Utama
Desain primer PCR adalah langkah penting untuk reaksi PCR yang sukses, yang memperkuat urutan DNA target. Pada dasarnya, panjang primer PCR harus 18-22 basa. Juga, konten GC mereka harus 50-55%. Selain itu, primer harus memiliki kunci GC pada ujung 3. Selanjutnya, suhu leleh primer harus 50-55 °C. Selain itu, daerah poli basa, struktur sekunder, dan pembentukan primer-dimer tidak boleh terjadi pada primer.
Yang perlu anda ketahui tentang Sequencing Primer?
Primer sequencing adalah primer, yang memfasilitasi inisiasi reaksi sekuensing. Umumnya, baik sekuensing Sanger, maupun sekuensing DNA “Next-Gen” , membutuhkan primer. Sebagai contoh, ada dua untai DNA komplementer per molekul DNA. Maka dari itu, untuk fragmen DNA tertentu, ada dua urutan; urutan sense dan antisense. Namun, selama reaksi pengurutan, hanya satu untai DNA yang mengalami pengurutan. Dengan demikian, hanya satu primer yang digunakan untuk reaksi sekuensing. Namun, primer ini dapat berupa primer maju atau primer terbalik.
Gambar 2: Peran Sequencing Primer dalam Sanger Sequencing
Selain itu, seseorang dapat mengurutkan kedua untai fragmen DNA dalam dua reaksi sekuensing terpisah menggunakan primer maju dan primer mundur secara terpisah dalam salah satu dari dua reaksi sekuensing. Juga, primer sekuensing tidak perlu mengapit sekuens DNA target seperti yang dilakukan oleh primer maju dan mundur. Itu berarti; primer sekuensing juga dapat menyatu dengan sekuens di tulang punggung vektor juga. Beberapa contoh primer universal pada tulang punggung vektor untuk pengurutan termasuk T7, SP6, M13 mundur, CMV maju, dll.
Persamaan Antara Primer PCR dan Primer Sequencing
- Primer PCR dan primer sequencing adalah dua jenis primer.
- Keduanya adalah urutan oligonukleotida pendek.
- Mereka bertanggung jawab untuk inisiasi sintesis DNA in vitro dengan mengikat urutan komplementer DNA.
Perbedaan Antara Primer PCR dan Primer Sequencing
Definisi
Primer PCR adalah istilah untuk potongan pendek DNA beruntai tunggal yang digunakan dalam reaksi PCR sedangkan primer sekuensing adalah istilah untuk sekuens nukleotida pendek yang digunakan untuk memulai sintesis DNA dalam reaksi sekuensing.
Tujuan utama
Primer PCR digunakan dalam amplifikasi PCR untuk mendapatkan amplikon sedangkan primer sekuensing digunakan untuk mengurutkan fragmen DNA untuk mengungkapkan urutan nukleotidanya.
Jenis
Dua primer PCR; primer maju dan mundur digunakan dalam PCR sementara sekuensing membutuhkan primer sekuensing tunggal.
Kekhususan
Primer PCR khusus untuk sekuens yang akan diamplifikasi sedangkan primer sekuensing tidak selalu terkait dengan sekuens DNA target.
Situs Pembatasan
Primer PCR mungkin mengandung situs restriksi sedangkan primer sequencing tidak mengandung situs restriksi.
Degenerasi
Primer PCR dapat menjadi primer yang mengalami degenerasi sedangkan primer sekuensing tidak mengalami degenerasi.
Kata terakhir
Primer PCR adalah dua jenis primer yang digunakan dalam reaksi PCR untuk amplifikasi urutan DNA target. Juga, dua jenis primer PCR termasuk primer maju dan mundur. Secara signifikan, kedua primer mengapit urutan DNA target, memfasilitasi inisiasi sintesis setiap untai DNA. Sebaliknya, primer sekuensing adalah primer, yang membantu memulai sintesis untai DNA komplementer selama reaksi sekuensing. Namun, hanya satu primer yang digunakan dalam reaksi sekuensing. Maka dari itu, Perbedaan yang menonjol antara primer PCR dan primer sekuensing adalah tujuan dan penggunaannya.
Sumber bacaan:
- “Jenis Primer PCR.” Pengetahuan PCR, 1 Mei 2018, Tersedia Di Sini . 2. “Pedoman Desain Primer PCR.” PRIMER Biosoft, Tersedia Di Sini . 3. “Pengurutan Primer.” Addgene, Tersedia Di Sini .
Sumber gambar:
- “Primers RevComp” Oleh Zephyris – Karya sendiri ( CC BY-SA 3.0 ) melalui Commons Wikimedia 2. “Pengurutan Sanger” Oleh Estevezj – Karya sendiri ( CC BY-SA 3.0 ) melalui Commons Wikimedia
