Perbedaan yang menonjol antara RNA Seq dan microarray adalah RNA Seq (RNA Sequencing) memungkinkan menganalisis varian RNA dan RNA baru sedangkan microarray memungkinkan menganalisis transkriptom dengan menggunakan probe RNA yang diketahui . Selanjutnya, RNA Seq adalah teknik berbasis sekuensing sementara microarray didasarkan pada hibridisasi.
RNA Seq dan microarray adalah dua teknik yang digunakan untuk menganalisis transkriptom , yang merupakan total mRNA yang diekspresikan dari suatu organisme. Mereka memungkinkan menentukan jenis molekul RNA yang terbentuk pada tahap seluler yang ditentukan.
Topik bahasan kami tentang:
- Apa itu RNA Seq – Definisi, Proses, Signifikansi 2. Apa itu Microarray – Definisi, Proses, Signifikansi 3. Apa Persamaan Antara RNA Seq dan Microarray – Garis Besar Karakteristik Umum 4. Apa Perbedaan Antara RNA Seq dan Microarray – Perbandingan Perbedaan Kunci
Istilah Utama
Analisis Ekspresi Gen, Hibridisasi, Microarray, RNA Seq, Sequencing
Yang perlu anda ketahui tentang RNA Seq
RNA Seq (RNA sequencing) adalah teknik yang menentukan urutan molekul RNA dalam suatu sampel. RNA Seq melibatkan sekuensing shotgun throughput tinggi dari molekul cDNA . cDNA diperoleh dari transkripsi terbalik dari molekul RNA. Sekuensing generasi berikutnya melibatkan penentuan urutan cDNA. RNA Seq memungkinkan penentuan urutan RNA dan kelimpahan relatifnya.
Gambar 1: Proses Seq RNA
RNA Seq adalah teknik yang sangat andal dengan berbagai sensitivitas. Maka dari itu, ia dapat mendeteksi sekuens RNA yang langka dan berlimpah. Karakteristik unik dari RNA Seq adalah kemampuannya untuk mengidentifikasi urutan RNA baru dan varian penyambungan.
Yang perlu anda ketahui tentang Microarray?
Microarray adalah teknik yang banyak digunakan untuk menganalisis ekspresi gen organisme tertentu. Ini menggunakan probe yang ditentukan yang dihibridisasi dengan molekul RNA dalam sampel. Probe beruntai tunggal dilekatkan pada permukaan padat yang dikenal sebagai chip tempat sampel RNA berlabel fluoresen dihibridisasi. Data sekuensing genom dapat digunakan untuk merancang probe.
Gambar 2: Proses Microarray
Untuk eksperimen yang cepat dan mudah, microarray adalah teknik terbaik dalam analisis ekspresi gen. Tapi, probe harus dirancang sedemikian rupa untuk mendeteksi varian splicing juga.
Persamaan Antara RNA Seq dan Microarray
- RNA Seq dan microarray adalah dua teknik yang digunakan dalam analisis ekspresi gen .
- Mereka dapat mendeteksi jenis molekul RNA yang ada dalam sampel pada waktu yang ditentukan.
- Mereka bergantung pada urutan RNA.
- Kedua teknik dapat menentukan urutan primer dan kelimpahan relatif RNA dalam sampel.
- Reproduksibilitas kedua teknik ini tinggi.
Perbedaan Antara RNA Seq dan Microarray
Definisi
RNA Seq adalah istilah untuk teknik berbasis sekuensing yang mendeteksi sekuens RNA dalam sampel sedangkan microarray adalah istilah untuk teknik berbasis hibridisasi yang digunakan untuk mendeteksi keberadaan sekuens RNA tertentu dalam sampel.
Berdasarkan
RNA Seq adalah teknik berbasis sekuensing sedangkan microarray adalah teknik berbasis hibridisasi yang dilakukan dengan probe yang ada.
Mengidentifikasi Urutan Baru
RNA Seq dapat mengidentifikasi urutan RNA baru yang ada dalam sampel sementara microarray hanya dapat mengidentifikasi urutan yang diketahui.
Kepekaan
Sensitivitas RNA Seq tinggi sedangkan sensitivitas microarray relatif rendah.
Ketepatan
Keakuratan data RNA Seq tinggi sedangkan akurasi data microarray relatif rendah.
Deteksi SNP
RNA Seq dapat mengidentifikasi SNP kecuali SNP de novo untuk RNA dengan kelimpahan rendah sementara microarray tidak dapat mendeteksi SNP.
Biaya
RNA Seq mahal ($300-$1000/sampel) karena analisis bioinformatika ekstensif yang diperlukan oleh metode ini sementara microarray lebih murah ($100-200/sampel).
Kata terakhir
RNA Seq adalah teknik berbasis sekuensing yang digunakan untuk menentukan sekuens RNA yang ada dalam transkriptom sementara microarray menggunakan probe khusus untuk mendeteksi keberadaan sekuens tertentu dalam transkriptom. Microarray tidak dapat mendeteksi urutan RNA baru serta urutan RNA yang kurang melimpah. Tetapi, dalam RNA Seq, semua urutan RNA dalam sampel dapat diidentifikasi. Maka dari itu, Perbedaan yang menonjol antara RNA Seq dan microarray adalah jenis deteksi.
Sumber bacaan:
- Kukurba, Kimberly R., dan Stephen B. Montgomery. “Pengurutan dan Analisis RNA.” Protokol Cold Spring Harbor 2015.11 (2015): 951–969. PMC. Web. 3 Juli 2018, Tersedia Di Sini 2. Govindarajan, Rajeshwar et al. “Microarray dan Aplikasinya.” Jurnal Ilmu Farmasi & Bioallied 4.Suppl 2 (2012): S310–S312. PMC. Web. 3 Juli 2018, Tersedia Disini
Sumber gambar:
- “Ringkasan RNA-Seq” Oleh Thomas Shafee – Karya sendiri ( CC BY 4.0 ) melalui Commons Wikimedia 2. “Ringkasan RNA Microarray” Oleh Thomas Shafee – Karya sendiri ( CC BY 4.0 ) melalui Commons Wikimedia
