Perselisihan di dalam tubuh istana merupakan salah satu penyebab terjadinya kemunduran dan bahkan keruntuhan kesultanan Banten. Hal ini dimanfaatkan oleh pihak asing sehingga membuat kerapuhan kekuatan kesultanan Banten. Di bawah ini adalah kisah singkat masa keruntuhan Kesultanan Banten. Pada masa akhir pemerintahan Sultan Ageng Tirtayasa, muncul konflik di istana kerajaan yang disebabkan oleh penentangan yang dilakukan Sultan Ageng Tirtayasa terhadap VOC.
Hal ini tidak disetujui oleh Sultan Haji selaku raja muda pada saat itu sehingga terjadi keretakan di dalam istana yang oleh VOC kemudian dimanfaatkan dengan mengusung politik devide et impera. VOC kemudian membantu Sultan Haji dalam menentang Sultan Ageng Tirtayasa sehingga kekuasaannya berakhir di bawah naungan VOC. Hal ini kemudian membuat raja-raja yang menguasi kesultanan Banten adalah raja-raja yang lemah dalam hal pemerintahan sehingga lambat laun, kesultanan Banten pun mengalami kemunduran.
Pada tahun 1680, perselisihan antara Sultan Ageng Tirtayasa dengan Sultan Haji di Kesultanan Banten tidak bisa dielakkan. VOC yang saat itu melihat pertikaian tersebut kemudian berusaha menjalankan politiknya dengan membantu Sultan Haji melancarkan serangan terhadap Sultan Ageng Tirtayasa. Hal itu kemudian memicu perang saudara yang pada akhirnya menimbulkan keruntuhan kerajaan Banten.
Untuk memperkuat posisi, Sultan Haji dan Sultan Abu Nashar kemudian mengirimkan dua orang utusan untuk menghadap kepada Raja Inggris di London dalam meminta dukungan dan bantuan persenjataan dalam menghadapi Sultan Ageng Tirtayasa. Kondisi tersebut membuat Sultan Sgeng mau tidak mau harus mundur dari istana dan pindah ke kawasan yang kemudan dinamakan Tirtayasa. Namun, pada Desember 1682, kawasan tersebut juga dikuasai oleh Sultan Haji bersama VOC sehingga Sultan Ageng bersama puteranya harus mundur ke Pedalaman Sunda.
Lantas pada tahun 1683, Sultan Ageng ditangkap dan ditahan di Batavia. Meskipun Sultan Ageng sudah tertangkap, namun pertahanan kesultanan masih dipegang oleh puteranya Pangerang Purbaya dan Syeikh Yusuf. Untuk menghadapi keduanya, maka VOC kemudian mengirim Untung Surapati yang pada saat itu berpangkat sebagai letnan untuk bergabung bersama dengan pasukan yang dipimpin Letnan Johannes Maurits van Happel dalam mengambil alih kawasan Pamotan dan Dayeuh Luhur.
Kondisi seperti ini tak ayal membuat Syeikh Yusuf tertangkap dan membuat Pangerang Purbaya menyerahkan diri kepada mereka. Di tengah perjalanan penjemputan Pangeran Purbaya, Untung Surapati mendapati masalah karena harus bertikai dengan pasukan VOC lainnya. Hal ini membuat Untung juga menjadi buronan VOC.
Bantuan VOC terhadap Sultan Haji tidak diberikan Cuma-Cuma, Sultan Haji wajib memberikan kompensasi kepada VOC berupa wilayah Lampung yang kemudian diserahkan kepada VOC. VOC juga memperoleh hak untuk memonopoli perdagangan lada di Lampung. Tidak hanya itu, Sultan Haji juga harus mengganti kerugian akibat perang saudara yang ditimbulkan kepada VOC sehingga pada saat Sultan Haji wafat, pengaruh VOC di wilayah Kesultanan Banten pun semakin kuat.
Beberapa raja di Kesultanan Banten selanjutnya tidak bisa meningkatkan kembali kejayaan Kesultanan Banten seperti halnya yang dilakukan Sultan Ageng Tirtayasa sehingga masa pemerintahan di Kesultanan pun menjadi tidak stabil dan mengalami banyak konflik serta ketidakpuasan masyarakat Banten atas apa yang dijalankan oleh kesultanan pada masa itu. Hal ini kemudian berujung pada keruntuhan Kerajaan Banten di bawah naungan VOC.
