Sebuah microarray DNA adalah kumpulan bintik-bintik DNA yang melekat pada permukaan padat. Dalam studi genomik, microarray DNA dapat digunakan baik untuk mengukur tingkat ekspresi sejumlah besar gen secara bersamaan atau untuk mempelajari berbagai wilayah genom.
Chip mikroskopis yang digunakan dalam microarray DNA terdiri dari probe yang sangat spesifik yang melengkapi urutan DNA target. Probe ini dapat menjadi bagian dari gen . Maka dari itu, setiap tempat DNA dapat menyimpan fragmen DNA tertentu dari suatu genom . Informasi tentang urutan genom dapat digunakan untuk menganalisis program transkripsi lengkap organisme tertentu selama proses perkembangan atau respons fisiologis tertentu.
Topik bahasan kami tentang:
- Apa itu Microarray DNA – Pengertian, Tujuan, Bintik 2. Bagaimana DNA Microarray Digunakan dalam Studi Genomik – Analisis Transkripsi
Istilah Kunci: cDNA, DNA Microarray, Fluoresensi, Urutan Genom, mRNA, Transkripsi
Yang perlu anda ketahui tentang Microarray DNA?
DNA microarray adalah istilah untuk kumpulan kepadatan tinggi, molekul DNA beruntai tunggal yang melekat pada permukaan padat. Ini digunakan dalam analisis ekspresi ribuan gen secara bersamaan. Umumnya, sekitar 1 kb bagian dari daerah pengkodean setiap gen diterapkan ke tempat-tempat yang berjarak dekat pada permukaan slide mikroskopis. Biasanya, sebuah array/chip gen berukuran 2×2 cm berisi sekitar 6000 titik DNA. Sebuah chip DNA microarray ditunjukkan pada gambar 1 .
Gambar 1: DNA Microarray
Bagaimana Microarray DNA Digunakan dalam Studi Genomik
Microarray DNA dapat digunakan untuk mengidentifikasi ekspresi gen dalam genom. Proses ini mencakup isolasi mRNA total dari jenis sel tertentu di bawah kondisi fisiologis yang ditentukan. Kemudian reaksi transkripsi balik dilakukan untuk menghasilkan cDNA dari mRNA. Di sini, primer DNA digunakan bersama dengan nukleotida DNA yang mengandung konsentrasi rendah nukleotida berlabel dengan pewarna fluoresen hijau. cDNA ini dihibridisasi dengan probe DNA komplementer dalam chip. Jika dua genom akan dibandingkan, cDNA genom kedua dapat diberi label dengan pewarna fluoresen warna lain seperti merah. Prosedur microarray DNA ditunjukkan pada gambar 2.
Gambar 2: Prosedur DNA Microarray
Chip gen dapat dianalisis di bawah mikroskop laser pemindaian untuk emisi fluoresensi. Hibridisasi DNA target yang tepat dengan probe DNA dalam microarray DNA memberikan warna fluoresensi yang sesuai. Karena microarray DNA diproduksi dengan menerapkan urutan DNA yang diketahui, gen yang diekspresikan dalam genom dapat diidentifikasi. Pengetahuan tentang urutan DNA yang diperoleh melalui genomik sangat penting dalam produksi microarray DNA, khususnya untuk genom target tertentu.
Kata terakhir
DNA microarrays adalah chip mikroskopis yang berisi bintik-bintik dari probe DNA yang ditentukan. Bintik-bintik ini dapat dihibridisasi dengan DNA yang disiapkan dari genom target untuk mengidentifikasi tingkat ekspresi di bawah kondisi fisiologis tertentu.
Sumber bacaan:
- Lodish, Harvey. “DNA Microarrays: Menganalisis Ekspresi Genom-Wide.” Biologi Sel Molekuler. Edisi ke-4. , Perpustakaan Kedokteran Nasional AS, 1 Januari 1970, Tersedia di sini .
Sumber gambar:
- “DNA microarray” Oleh Guillaume Paumier (pengguna: guillom) – Karya sendiri (CC BY-SA 3.0) melalui Commons Wikimedia 2. “Microarray-schema” Oleh Pengguna: Larssono – Karya sendiri oleh pengunggah asli (Domain Publik) melalui Wikimedia Commons
