Perbedaan yang menonjol antara enzim restriksi tipe 1, 2, dan 3 adalah enzim restriksi tipe 1 dan 2 memiliki aktivitas restriksi dan metilase dalam satu kompleks enzim yang besar, sedangkan enzim restriksi tipe 2 memiliki aktivitas restriksi dan metilase yang independen. Selanjutnya, enzim restriksi tipe 1 dan 3 memotong DNA secara acak, kadang-kadang ratusan basa menjauh dari situs restriksi sementara enzim restriksi tipe 2 memotong DNA di situs tertentu dalam situs pengenalan restriksi.
Enzim restriksi tipe 1, 2, dan 3 adalah tiga dari lima jenis enzim restriksi yang bertanggung jawab untuk membelah DNA di lokasi spesifik dalam molekul yang dikenal sebagai situs pengenalan restriksi. Umumnya, mereka adalah kelas luas endonuklease yang terutama diproduksi oleh prokariota.
Topik bahasan kami tentang:
- Apa itu Enzim Restriksi Tipe 1 – Pengertian, Struktur, Fungsi 2. Apa Itu Enzim Restriksi Tipe 2 – Pengertian, Struktur, Fungsi 3. Apa Itu Enzim Restriksi Tipe 3 – Pengertian, Struktur, Fungsi 4. Apa Persamaan Antara Restriksi Enzim Tipe 1 2 dan 3 – Garis Besar Karakteristik Umum 5. Apa Perbedaan Antara Enzim Restriksi Tipe 1 2 dan 3 – Perbandingan Perbedaan Utama
Istilah Utama
Endonuklease, Enzim Pembatasan Tipe 1, 2, dan 3, Situs Pengenalan Pembatasan
Yang perlu anda ketahui tentang Enzim Pembatasan Tipe 1?
Enzim restriksi tipe 1 adalah kompleks, enzim multisubunit dengan aktivitas restriksi dan metilase dalam kombinasi. Juga, pertama kali diidentifikasi pada strain E. coli . Selain itu, ia terdiri dari tiga subunit yang berbeda; HsdR, HsdM, dan HsdS Di sini, HsdR mengalami pencernaan restriksi, HsdM mengalami metilasi, dan HsdS penting untuk pengenalan situs pengenalan dan situs metilasi.
Gambar 1: Struktur Homodimerik EcoR I
Selanjutnya, enzim restriksi 1 memotong DNA pada suatu tempat, yang berada pada jarak acak lebih dari 1000 bp dari tempat pengenalan restriksi. Juga, pembelahan acak ini diikuti oleh translokasi DNA karena enzim ini berfungsi sebagai motor molekuler. Di sisi lain, gen enzim restriksi 1 lebih umum dalam genom prokariotik. Namun, meskipun enzim restriksi tipe 1 memiliki kepentingan biokimiawi, ia memiliki sedikit nilai praktis karena produksi fragmen restriksi diskrit.
Yang perlu anda ketahui tentang Enzim Pembatasan Tipe 2
Enzim restriksi tipe 2 adalah jenis lain dari enzim restriksi, membelah DNA pada posisi yang ditentukan, baik di dalam atau dekat dengan situs pengenalan restriksi. Juga, situs pengenalannya adalah palindromik dan panjangnya 4-8 nukleotida. Umumnya, itu adalah homodimer dengan pembatasan independen dan aktivitas metilase. Di sisi lain, hanya membutuhkan magnesium sebagai kofaktor tanpa menggunakan ATP.
Gambar 2: Situs Pengenalan Pembatasan EcoR I
Selain itu, karena produksi fragmen diskrit dengan pencernaan restriksi dengan pemotongan khusus pada atau dekat dengan tempat pengenalan, enzim restriksi tipe 2 lebih sering digunakan di laboratorium untuk analisis DNA dan kloning . Sebagai contoh, enzim restriksi tipe 2 memiliki beberapa keluarga dengan struktur yang sama sekali berbeda. Mereka termasuk enzim restriksi tipe 2B, 2E, 2F, 2G, 2S, dan 2T.
Yang perlu anda ketahui tentang enzim restriksi Tipe 3
Enzim restriksi tipe 3 adalah jenis ketiga dari enzim restriksi, mengenali dua urutan non-palindromik terpisah, yang berorientasi terbalik. Juga, ia memotong DNA sekitar 20-30 bp hilir ke situs pengenalan. Umumnya, enzim restriksi tipe 3 merupakan heterodimer dengan dua subunit yang berbeda.
Gambar 3: Peran dalam Enzim Pembatasan dalam Kloning
Sementara itu, aktivitas restriksi dan metilasi terjadi pada subunit yang sama dari enzim restriksi tipe 3. Namun jarang memberikan pencernaan yang sempurna.
Persamaan Antara Enzim Restriksi Tipe 1 2 dan 3
- Enzim restriksi tipe 1, 2, dan 3 adalah tiga dari lima enzim restriksi yang bertanggung jawab untuk membelah DNA pada tempat tertentu dalam molekul yang dikenal sebagai situs pengenalan restriksi.
- Mereka adalah kelas endonuklease yang luas.
- Setiap jenis berbeda dari struktur dan jenis belahannya.
- Mereka membuat dua sayatan sekali di masing-masing dari dua tulang punggung gula-fosfat heliks ganda DNA.
- Baik bakteri dan archaea untuk memberikan pertahanan terhadap virus yang menyerang.
- Di dalam bakteri, enzim restriksi ini memotong DNA asing dalam proses yang dikenal sebagai pencernaan restriksi.
- Terlepas dari enzim restriksi, methyltransferase adalah enzim modifikasi, yang melindungi DNA inang dari pembelahan restriksi oleh metilasi DNA di situs spesifisitas inang. Secara signifikan, kedua enzim berada dalam sistem modifikasi restriksi prokariota.
- Ada sekitar 600 enzim restriksi yang tersedia secara komersial dan secara rutin digunakan di laboratorium untuk teknik modifikasi DNA, termasuk kloning molekuler.
Perbedaan Antara Enzim Pembatasan Tipe 1 2 dan 3
Definisi
Enzim restriksi tipe 1 adalah istilah untuk kompleks, multisubunit, kombinasi enzim restriksi dan modifikasi, yang memotong DNA secara acak jauh dari urutan pengenalannya. Enzim restriksi tipe 2 adalah istilah untuk enzim, yang memotong DNA pada posisi yang ditentukan dekat atau dalam urutan pengenalannya. Di sisi lain, enzim restriksi tipe 3 adalah istilah untuk kombinasi besar enzim restriksi dan modifikasi, yang membelah di luar urutan pengenalannya, jarang memberikan intisari yang lengkap.
Subunit
Enzim restriksi tipe 1 mengandung tiga subunit, enzim restriksi tipe 2 adalah homodimer dengan dua subunit, sedangkan enzim restriksi tipe 3 juga mengandung lebih dari satu subunit, biasanya dua.
Struktur
Secara struktural, enzim restriksi tipe 1 adalah enzim bifungsional dengan aktivitas restriksi dan metilase. Enzim restriksi tipe 2 memiliki aktivitas restriksi dan metilase yang terpisah. Sementara itu, enzim restriksi tipe 3 juga merupakan enzim bifungsional dengan aktivitas restriksi dan metilase.
Pembatasan dan Metilasi
Yang penting, restriksi dan metilasi secara alami eksklusif dalam enzim restriksi tipe 1, sedangkan restriksi dan metilasi adalah dua reaksi terpisah dalam enzim restriksi tipe 2. Namun, restriksi dan metilasi adalah reaksi simultan pada enzim restriksi tipe 3.
Situs Pengenalan Pembatasan
Enzim restriksi tipe 1 memiliki situs pengenalan restriksi bipartit dan asimetris. Sedangkan enzim restriksi tipe 2 memiliki urutan palindromik 4-6 bp. Di sisi lain, enzim restriksi tipe 3 memiliki situs pengenalan restriksi asimetris 5-7 bp.
Situs Pembelahan
Situs pembelahan tidak spesifik, >1000 bp dari situs pengenalan pada enzim restriksi tipe 1, situs pembelahan sama atau dekat dengan situs pengenalan, sedangkan situs pembelahan 24-26 bp hilir dari situs pengenalan.
Persyaratan Pembatasan
ATP, Mg 2+ , dan S-adenosil metionin merupakan kebutuhan enzim restriksi tipe 1, Mg 2+ merupakan kebutuhan enzim restriksi tipe 2, sedangkan ATP dan Mg 2+ merupakan kebutuhan enzim restriksi tipe 3.
Translokasi DNA
Pembelahan diikuti oleh translokasi DNA pada enzim restriksi tipe 1. Namun, translokasi DNA terjadi pada enzim restriksi tipe 2 dan 3.
Contoh
EcoA 1, EcoB, EcoK I, dan CfrA I adalah contoh dari enzim restriksi tipe 1, EcoR I BamH I, dan Hind III adalah contoh dari enzim restriksi tipe 2 sedangkan EcoP I, Hinf III, dan EcoP15 I adalah contoh dari enzim restriksi tipe 3.
Kata terakhir
Enzim restriksi tipe 1 adalah salah satu jenis enzim restriksi dengan aktivitas restriksi dan metilase dalam kompleks enzim yang sama besar. Umumnya, itu terdiri dari tiga subunit yang berbeda. Juga, situs pembelahannya acak dan terjadi sekitar 1000 bp jauhnya dari situs pengenalan. Di sisi lain, enzim restriksi tipe 2 adalah jenis lain dari enzim restriksi dengan aktivitas
restriksi dan metilase independen. Juga, itu adalah homodimer, yang memotong DNA di dalam atau dekat dengan situs pengenalan.
Sedangkan enzim restriksi tipe 3 merupakan enzim restriksi tipe ketiga. Yang penting, ia juga memiliki aktivitas restriksi dan metilase bersama. Namun, itu adalah heterodimer, yang memotong DNA secara acak 24-26 bp dari situs pengenalan. Maka dari itu, Perbedaan yang menonjol antara enzim restriksi tipe 1, 2, dan 3 adalah struktur dan pola pembelahannya.
Sumber bacaan:
- “Jenis Endonuklease Pembatasan.” NEB , New England Biolabs, Tersedia Di Sini .
Sumber gambar:
- “1QPS” Oleh Boghog2 – Pekerjaan sendiri Struktur ini dibuat dengan PyMOL. ( Domain Publik ) melalui Commons Wikimedia 2. “Situs pengenalan enzim restriksi EcoRI” Oleh Pengguna: Bryan Derksen – Karya sendiri ( Domain Publik ) melalui Commons Wikimedia 3. “Membangun” Oleh Joyxi – Karya sendiri ( Domain Publik ) melalui Commons Wikimedia
