Perbedaan yang menonjol antara siRNA dan shRNA adalah s iRNA adalah bentuk pendek, dsRNA dengan 2 nukleotida sebagai ujung 3′ yang menggantung yang mengaktifkan interferensi RNA (RNAi) sedangkan shRNA berisi struktur loop yang diproses menjadi siRNA . Lebih lanjut, siRNA bersifat sementara melalui efek per dosis, secara optimal cocok untuk gangguan medis tertentu sementara konstruksi shRNA dapat dioptimalkan menggunakan mesin pemrosesan endogen untuk potensi tinggi dan efek berkelanjutan menggunakan jumlah salinan rendah. Selain itu, proses pembuatan siRNA sederhana sementara shRNA yang dioptimalkan menghasilkan lebih sedikit efek di luar target.
RNA pengganggu kecil (siRNA) dan RNA jepit rambut pendek (shRNA) adalah dua jenis RNA pengatur yang terlibat dalam jalur pembungkaman jalur interferensi RNA, yang mengarah pada degradasi mRNA target dengan cara spesifik urutan, tergantung pada pengikatan komplementer dari mRNA target.
Topik bahasan kami tentang:
- Apa itu siRNA – Definisi, Struktur, Peran dalam RNAi 2. Apa itu shRNA – Definisi, Struktur, Peran dalam RNAi 3. Apa Persamaan Antara siRNA dan shRNA – Garis Besar Karakteristik Umum 4. Apa Perbedaan Antara siRNA dan shRNA – Perbandingan Perbedaan Kunci
Istilah Utama
siRNA, shRNA, Regulatory RNA, RNAi, Degradasi Spesifik Urutan, Target mRNA
Yang perlu anda ketahui tentang siRNA
RNA pengganggu kecil atau siRNA adalah jenis molekul RNA untai ganda yang berukuran kecil; panjangnya sekitar 21 sampai 25 nukleotida. Ini adalah salah satu pendekatan kunci untuk jalur interferensi RNA (RNAi), yang menggunakan pembentukan RNA untai ganda untuk pembungkaman gen. Umumnya, jalur RNAi bertanggung jawab atas knockdown protein sebagai regulasi ekspresi gen pasca-transkripsi.
Gambar 1: SiRNA di Jalur RNAi
Selanjutnya, pembelahan dupleks RNA panjang menghasilkan pembentukan siRNA. Di sini, Dicer, enzim RNase III spesifik dsRNA, membentuk kompleks dengan RNA untai ganda. Enzim ini memotong dsRNA menjadi siRNA, meninggalkan dua nukleotida di ujung 3′. Setelah itu, siRNA ini membentuk kompleks dengan RISC (RNA-induced silencing complex) yang bertanggung jawab atas degradasi sense strand dari RNA duplex.
Yang perlu anda ketahui tentang shRNA?
RNA jepit rambut pendek atau shRNA adalah jenis molekul RNA yang relatif panjang dengan wilayah yang membentuk loop jepit rambut. Umumnya, shRNA adalah molekul buatan yang terbentuk di dalam sel dengan pengenalan gen RNA yang sesuai ke sel melalui vektor. Sebenarnya, itu meniru molekul miRNA yang terlibat dalam pembentukan dupleks RNA secara alami di dalam sel.
Gambar 2: Formasi shRNA
Selain itu, wilayah batang shRNA dibentuk oleh hibridisasi dengan molekul mRNA target. Setelah membentuk dupleks, Dicer mengikat kompleks dan membelah dupleks menjadi molekul siRNA. Molekul siRNA ini berikatan dengan RISC dan mendegradasi untai indera dengan cara yang sama seperti yang disebutkan di atas.
Persamaan Antara siRNA dan shRNA
- siRNA dan shRNA adalah dua jenis RNA kecil yang non-coding dan regulasi.
- Selanjutnya, gen RNA mengkodekan RNA ini.
- Juga, kedua jenis RNA dapat membentuk RNA untai ganda dengan mRNA target, menginduksi jalur interferensi RNA.
- Mereka diproses oleh pemain dadu dan RISC di dalam sel.
- Seiring dengan miRNA, mereka bertanggung jawab atas degradasi spesifik urutan mRNA target.
- Maka dari itu, fungsi utama RNA ini adalah untuk terlibat dalam pembungkaman RNA, yang merupakan regulasi ekspresi gen pasca-transkripsi.
Perbedaan Antara siRNA dan shRNA
Definisi
siRNA adalah istilah untuk molekul RNA untai tunggal yang dihasilkan oleh pembelahan dan pemrosesan RNA untai ganda sementara shRNA adalah istilah untuk urutan RNA pendek yang membuat putaran jepit rambut yang ketat dan dapat digunakan untuk membungkam ekspresi gen. Jadi, ini adalah Perbedaan yang menonjol antara siRNA dan shRNA.
Berdiri untuk
siRNA adalah singkatan dari RNA kecil yang mengganggu sementara shRNA adalah singkatan dari RNA jepit rambut pendek.
Alami atau Buatan
Lebih lanjut, perbedaan penting antara siRNA dan shRNA adalah siRNA diproduksi di dalam sel secara alami sedangkan shRNA diproduksi di dalam sel secara artifisial dengan memperkenalkan gen RNA yang sesuai melalui transformasi.
Struktur
Selain itu, siRNA adalah molekul RNA untai ganda yang biasanya panjangnya 21 hingga 25 nukleotida sementara shRNA memiliki panjang sekitar 80 pasangan basa dan mencakup wilayah hibridisasi internal, yang menciptakan struktur jepit rambut. Maka dari itu, ini juga merupakan perbedaan antara siRNA dan shRNA.
Panjangnya
Juga, perbedaan lain antara siRNA dan shRNA adalah siRNA pendek sedangkan shRNA relatif panjang.
Peran dalam RNAi
Selain itu, siRNA membentuk dsRNA dengan ujung 3′ yang menggantung dari 2 nukleotida, yang mengaktifkan interferensi RNA (RNAi) sedangkan shRNA berisi struktur loop yang diproses menjadi siRNA.
Hubungan dengan miRNA
Selain itu, hubungan dengan miRNA juga merupakan perbedaan antara siRNA dan shRNA. siRNA diproduksi oleh pemrosesan miRNA baik oleh protein DICER atau DROSHA secara endogen sementara shRNA meniru miRNA.
Keberlanjutan
siRNA bersifat sementara melalui efek per dosis sementara shRNA lebih berkelanjutan.
Dosis efektif
siRNA efektif pada dosis tinggi sedangkan shRNA efektif pada dosis rendah.
Potensi
Potensi adalah perbedaan lain antara siRNA dan shRNA. siRNA memiliki potensi rendah sedangkan shRNA memiliki potensi tinggi.
Keuntungan
Proses pembuatan siRNA sederhana sementara shRNA yang dioptimalkan menghasilkan lebih sedikit efek di luar target yang tertanam dalam perancah miRNA.
Aplikasi
Selanjutnya, siRNA dapat digunakan untuk knockdown protein jangka pendek dengan aplikasi langsung pada target sementara shRNA dapat digunakan untuk knockdown protein jangka panjang melalui jalur RNAi. Jadi, ini adalah perbedaan lain antara siRNA dan shRNA.
Kata terakhir
siRNA atau RNA pengganggu kecil adalah jenis RNA pengatur non-pengkodean yang terlibat dalam degradasi spesifik urutan mRNA target dalam jalur interferensi RNA. Ini adalah molekul RNA pendek yang membentuk dupleks RNA dengan target. Juga, itu dihasilkan oleh pemrosesan endogen miRNA. Sebaliknya, shRNA atau RNA jepit rambut pendek adalah jenis RNA buatan, yang meniru miRNA. Ini terdegradasi menjadi siRNA oleh mekanisme seluler yang sama yang digunakan oleh degradasi miRNA. Umumnya, shRNA lebih panjang dari siRNA dan mengandung loop jepit rambut. Namun, Perbedaan yang menonjol antara siRNA dan shRNA adalah metode degradasi spesifik urutan mRNA target dalam RNAi.
Sumber bacaan:
- O’Keefe, Erin P. “SiRNAs and ShRNAs: Tools for Protein Knockdown by Gene Silence.” Bahan dan Metode , vol. 3, 2013, doi doi:10.13070/mm.en.3.197 .
Sumber gambar:
- “Mekanisme SiRNA.2” Oleh Singh135 – Karya sendiri ( CC BY-SA 4.0 ) melalui Commons Wikimedia 2. “ShRNA Lentivirus” Oleh Dan Cojocari · · – Sendiri,Gambar vektor tidak ditentukan W3C ini dibuat dengan Adobe Illustrator. ( CC BY-SA 3.0 ) melalui Commons Wikimedia
