Perbedaan yang menonjol antara agarosa dan poliakrilamida adalah agarosa digunakan dalam elektroforesis gel agarosa (AGE) terutama untuk pemisahan DNA, sedangkan poliakrilamida digunakan dalam elektroforesis gel poliakrilamida ( PAGE ) terutama untuk pemisahan protein. Lebih lanjut, agarosa dapat memisahkan fragmen DNA berukuran 50-20.000 bp sedangkan poliakrilamida memiliki daya pemecahan yang lebih besar, memisahkan fragmen DNA hingga 5-500 bp. Selain itu, gel agarosa terletak rata di atas meja dengan lintasan horizontal sementara gel poliakrilamida berdiri di atas meja dengan lintasan vertikal.
Agarosa dan poliakrilamida adalah dua jenis gel utama yang digunakan untuk memisahkan makromolekul, termasuk DNA, RNA , dan protein berdasarkan ukuran dan muatannya.
Topik bahasan kami tentang:
- Apa itu Agarose – Pengertian, Komposisi, Kegunaan 2. Apa itu Polyacrylamide – Pengertian, Komposisi, Kegunaan 3. Apa Persamaan Antara Agarose dan Polyacrylamide – Garis Besar Karakteristik Umum 4. Apa Perbedaan Antara Agarose dan Polyacrylamide – Perbandingan Perbedaan Kunci
Istilah Utama
Agarosa, DNA, Elektroforesis Gel, Poliakrilamida, Daya Penyelesaian
Yang perlu anda ketahui tentang Agarosa?
Agarosa adalah polimer polisakarida alami yang digunakan dalam elektroforesis gel agarosa (AGE). Namun, itu adalah campuran molekul yang kompleks dan komponen utama agarosa adalah agar. Yang penting, dalam gel agarosa, adalah mungkin untuk memisahkan fragmen DNA yang besar berdasarkan ukurannya. Biasanya, DNA adalah molekul bermuatan negatif, yang berjalan menuju elektroda positif di bawah medan listrik. Juga, pori-pori di dalam gel agarosa bertanggung jawab untuk pemisahan DNA berdasarkan ukuran.
Gambar 1: Elektroforesis Gel Agarosa
Lebih lanjut, gel agarosa adalah matriks 3D yang terdiri dari molekul agarosa heliks, yang beragregasi ke dalam saluran dan pori-pori. Namun, ukuran porinya tidak seragam. Maka dari itu, hasilnya sulit untuk direproduksi. Di sisi lain, mudah ditangani dan dilemparkan. Selain itu, agarosa akan mengeras saat gel mendingin.
Yang perlu anda ketahui tentang Poliakrilamida?
Poliakrilamida adalah zat yang digunakan dalam pembuatan elektroforesis gel poliakrilamida (PAGE). Pada dasarnya, ini adalah produk dari ikatan silang dua molekul; akrilamida dan bis-akrilamida. Juga, akrilamida adalah produk hidrasi akrilonitril oleh enzim nitril hidratase. Selain itu, dalam bentuk bubuk, yang beracun bagi sistem saraf manusia. Dengan penambahan air, akrilamida mengalami polimerisasi menjadi poliakrilamida.
Gambar 2: HALAMAN
Selain itu, gel poliakrilamida bisa dalam dua tahap; gel poliakrilamida asli dan gel denaturasi. Umumnya, dalam gel poliakrilamida asli, struktur orde tinggi dari biomolekul dipertahankan apa adanya. Namun, dalam gel pendenaturasi , bahan pendenaturasi khususnya, SDS (natrium dodecyl sulfate) mendenaturasi biomolekul, membuat mobilitasnya bergantung pada ukurannya. Sebagai contoh, gel poliakrilamida penting untuk pemisahan protein serta asam nukleat kecil seperti oligonukleotida, tRNA, dll.
Persamaan Antara Agarosa dan Poliakrilamida
- Agarosa dan poliakrilamida adalah dua jenis gel utama yang digunakan untuk pemisahan biomolekul, seperti DNA, RNA, dan protein.
- Maka dari itu, mereka penting dalam biologi molekuler dan biokimia.
- Biomolekul ini bergerak di antara elektroda setelah menerapkan medan listrik, memindahkan molekul bermuatan melalui matriks.
- Maka dari itu, kedua jenis gel memungkinkan pemisahan biomolekul berdasarkan ukuran dan muatannya.
Perbedaan Antara Agarosa dan Poliakrilamida
Definisi
Agarosa adalah konstituen utama agar yang digunakan, terutama dalam gel untuk elektroforesis. Poliakrilamida adalah resin sintetis yang dibuat dengan mempolimerisasi akrilamida. Ini adalah polimer yang larut dalam air yang digunakan untuk membentuk gel yang distabilkan.
Membuat
Agarosa adalah polisakarida kompleks yang berasal dari rumput laut sedangkan akrilamida dibuat dengan mencerna akrilonitril oleh nitril hidratase.
Komposisi
Agarosa terdiri dari banyak molekul, sedangkan poliakrilamida mengandung satu molekul besar.
Gel
Gel agarosa mengandung rantai panjang gula yang saling terkait untuk membentuk anyaman, sedangkan gel poliakrilamida menyusun ikatan silang kimia akrilamida dan bis-akrilamida, menghasilkan saringan molekuler.
Pengaturan
Agarose mengeras saat mendingin sementara poliakrilamida terbentuk melalui reaksi kimia setelah ikatan silang terjadi.
Jalankan Konfigurasi
Agarose adalah gel horizontal sedangkan poliakrilamida adalah gel vertikal.
Properti
Ukuran pori gel agarosa menjadi lebih kecil dengan meningkatnya konsentrasi agarosa dalam gel. Namun, rasio akrilamida terhadap bis-akrilamida menentukan ukuran pori gel poliakrilamida.
Konsentrasi Khas Gel
Konsentrasi khas gel agarosa sekitar 0,5 hingga 2%, sedangkan konsentrasi khas gel poliakrilamida sekitar 6-15%.
Pemisahan Biomolekul
Gel agarosa terutama penting dalam pemisahan fragmen DNA yang jauh lebih besar seperti produk PCR sementara gel poliakrilamida penting untuk pemisahan protein serta asam nukleat kecil seperti oligonukleotida, miRNA, tRNA, dll.
Pemisahan DNA
Agarosa dapat memisahkan DNA berukuran sekitar 50-20.000 bp sedangkan poliakrilamida dapat memisahkan DNA berukuran sekitar 5-500 bp.
Kekuatan Penyelesaian
Gel agarosa memiliki daya pisah yang relatif rendah sedangkan gel poliakrilamida memiliki daya pisah yang tinggi.
Konfigurasi DNA
Gel agarosa biasanya memisahkan DNA dalam bentuk untai ganda sedangkan gel poliakrilamida memisahkan DNA dalam bentuk untai tunggal.
kelebihan
Gel agarosa tidak beracun dan mudah ditangani sementara gel poliakrilamida memberikan hasil yang dapat direproduksi.
Kontra
Gel agarosa tidak memiliki ukuran pori yang seragam sedangkan gel poliakrilamida mengandung neurotoksin yang kuat.
Kata terakhir
Agarosa adalah polisakarida rumput laut yang penting dalam produksi gel terutama untuk memisahkan fragmen besar DNA. Juga, ini adalah gel horizontal dengan daya penyelesaian yang relatif rendah. Di sisi lain, poliakrilamida adalah jenis gel lain yang terutama digunakan dalam pemisahan protein. Juga, penting dalam pemisahan asam nukleat kecil karena daya penyelesaiannya yang tinggi. Selain itu, itu terdiri dari ikatan silang akrilamida dan bis-akrilamida melalui reaksi kimia. Di sisi lain, poliakrilamida adalah gel vertikal. Maka dari itu, Perbedaan yang menonjol antara agarosa dan poliakrilamida adalah komposisi, pengaturan, dan daya pisahnya.
Sumber bacaan:
- Clore, Adam. “Menjalankan Agarosa dan Gel Poliakrilamida.” TEKNOLOGI DNA TERINTEGRASI , Teknologi DNA Terintegrasi, Inc., 20 September 2017. Tersedia Di Sini .
Sumber gambar:
- “Elektroforesis – Bergerak bersama gel” Oleh michael – bergerak bersama ( CC BY 2.0 ) melalui Commons Wikimedia 2. “Gelelektroforeseapparatur” ( CC BY-SA 3.0 ) melalui Commons Wikimedia
