Cara Membedakan Probe dan Primer

Perbedaan Utama – Probe vs Primer

PCR adalah teknik yang digunakan dalam bioteknologi untuk mengamplifikasi fragmen DNA spesifik untuk berbagai tujuan. Probe dan primer adalah dua jenis oligonukleotida beruntai tunggal yang digunakan dalam berbagai jenis PCR. Probe terutama digunakan dalam qPCR sedangkan primer sintetis digunakan di setiap jenis PCR. Perbedaan yang menonjol antara probe dan primer adalah probe adalah probe yang digunakan untuk mendeteksi keberadaan fragmen DNA tertentu dalam campuran melalui hibridisasi dengan DNA untai ganda sedangkan primer digunakan dalam inisiasi reaksi berantai polimerase dengan hibridisasi dengan DNA untai tunggal . Umumnya, primer digunakan dalam inisiasi replikasi DNA di dalam sel. Probe juga digunakan dalam reaksi hibridisasi.

Topik bahasan kami tentang:

1. Apa itu Probe – Definisi, Desain, Pentingnya 2. Apa itu Primer – Definisi, Desain, Kepentingan 3. Apa Persamaan Antara Probe dan Primer – Garis Besar Karakteristik Umum 4. Apa Perbedaan Antara Probe dan Primer – Perbandingan Perbedaan Kunci

Istilah Kunci: Hibridisasi, Oligonukleotida, PCR, Primer, Probe, QPCR

Yang perlu anda ketahui tentang Probe?

Probe adalah fragmen DNA atau RNA yang digunakan untuk mendeteksi keberadaan fragmen DNA tertentu dalam sampel. Maka dari itu, probe dapat digunakan untuk dua jenis teknik, dalam qPCR dan dalam reaksi hibridisasi. Empat fakta harus dipertimbangkan dalam merancang probe.

1. Lokasi – Probe harus berhibridisasi dengan untai DNA di dekat primer mundur atau maju. Tapi, itu tidak boleh tumpang tindih dengan situs pengikatan primer. Umumnya, probe hibridisasi dengan salah satu untai dupleks DNA.
2. Temperatur leleh (Tm) – Temperatur leleh probe harus 6-8 °C lebih tinggi dari pada primer.
3. Suhu anil (Ta) – Suhu anil percobaan harus 5 °C di bawah suhu leleh primer.
4. Konten GC – Konten GC probe harus 35-65%. Ujung probe 5′ tidak boleh mengandung G.

Dalam qPCR, probe diberi label dengan pewarna fluoresen atau unsur radioaktif. Probe ini dihibridisasi dengan urutan target dalam dupleks DNA. Berbagai jenis probe berlabel, baik dengan unsur radioaktif atau fluoresensi, digunakan dalam berbagai jenis reaksi hibridisasi juga. Hibridisasi probe PNA ke urutan target mereka ditunjukkan pada gambar 1 . Probe PNA digunakan untuk menentukan panjang telomer .

Gambar 1: Hibridisasi Probe PNA

Selama hibridisasi, probe mengikat DNA untai tunggal secara komplementer.

Yang perlu anda ketahui tentang Primer?

Primer adalah istilah untuk untaian pendek DNA atau RNA yang berfungsi sebagai titik awal sintesis DNA. Primer RNA digunakan di dalam sel untuk memulai replikasi DNA dengan bantuan DNA polimerase . Primer DNA sintetik banyak digunakan dalam PCR untuk mengamplifikasi fragmen DNA yang diinginkan. Urutan target diapit oleh dua primer yang dikenal sebagai primer maju dan primer mundur. Spesifisitas dan komplementaritas adalah faktor utama dalam merancang primer. Struktur sekunder juga harus dihindari. Faktor-faktor lain yang harus dipertimbangkan selama merancang primer dijelaskan di bawah ini.

1. Temperatur leleh (Tm) – Temperatur leleh optimal dari primer maju dan mundur harus 60-64 °C.
2. Suhu anil – Suhu anil percobaan harus 5 °C di bawah suhu leleh masing-masing primer.
3. Konten GC – Kandungan GC primer harus 35-65%.

Anil primer maju dan mundur ke dua untai DNA target ditunjukkan pada Gambar 2.

Gambar 2: Anil Primer

Dalam sekuensing DNA, primer digunakan dalam amplifikasi fragmen target. Primer dapat diberi label baik dengan unsur radioaktif atau fluoresensi untuk berbagai tujuan deteksi.

Persamaan Antara Probe dan Primer

• Probe dan primer adalah dua jenis oligonukleotida beruntai tunggal yang digunakan dalam berbagai teknik PCR untuk berhibridisasi dengan DNA komplementer.
• Baik probe dan primer spesifik untuk fragmen DNA tertentu.
• Baik probe maupun primer dapat berupa DNA/RNA.
• Baik probe dan primer memiliki suhu spesifik untuk dianil dengan urutan target.
• Baik probe dan primer dapat dijerat dengan fluorofor untuk deteksi.

Perbedaan Antara Probe dan Primer

Definisi

Probe: Probe adalah fragmen DNA atau RNA yang digunakan untuk mendeteksi keberadaan fragmen DNA tertentu dalam sampel.

Dasar: Primer adalah untaian pendek DNA atau RNA yang berfungsi sebagai titik awal untuk sintesis DNA.

Peran

Probe: Probe digunakan untuk mendeteksi fragmen DNA spesifik dalam qPCR.

Dasar: Primer digunakan untuk memulai replikasi DNA. Ini juga digunakan dalam inisiasi PCR.

Panjangnya

Probe: Panjang probe dapat berkisar antara 25-1000 pasangan basa.

Dasar: Panjang primer dapat berkisar antara 18-22 pasangan basa.

Hibridisasi

Menguji: Probe dihibridisasi dengan DNA untai ganda.

Dasar: Primer dihibridisasi dengan DNA untai tunggal.

Pelabelan

Probe: Probe umumnya diberi label dengan fluorofor untuk deteksi.

Primer: Primer dapat diberi label berdasarkan tujuannya.

Kata terakhir

Probe dan primer adalah dua jenis oligonukleotida beruntai tunggal yang digunakan dalam berbagai jenis PCR. Probe digunakan dalam mendeteksi fragmen DNA spesifik dalam qPCR. Primer digunakan untuk memulai replikasi DNA di dalam sel dan juga digunakan dalam inisiasi PCR. Maka dari itu, Perbedaan yang menonjol antara probe dan primer adalah tujuannya.

Sumber bacaan:

1. Merancang primer dan probe PCR , Teknologi DNA Terintegrasi, Tersedia di sini .

Sumber gambar:

1. “Alur kerja Q-FISH” Oleh Jclam di Wikipedia bahasa Inggris (CC BY 3. 0) melalui Commons Wikimedia 2. “Primers RevComp Elongation” Oleh Richard Wheeler (Zephyris) – Karya sendiri (CC BY-SA 3.0) melalui Commons Wikimedia