Enam program utama RANHAM Kedua 2004-2009, yaitu sebagai berikut.
1) Pembentukan dan penguatan institusi pelaksanaan RANHAM
Untuk menjamin pelaksanaan RANHAM 2004-2009 di tingkat nasional dibentuk Panitia Nasional yang anggotanya tetap dan Kelompok Kerja sehingga koordinasi dan kerja sama dalam pelaksanaan tugas mereka dapat terlaksana sebagiman mestinya. Sedangkan untuk menjamin pelaksanaan RANHAM di daerah dipandang perlu dibentuk Panitia Pelaksana daerah baik di tingkat Provinsi maupun di tingkat Kabupaten/Kota untuk mengkoordinasikan pelaksanaan program/kegiatan RANHAM di daerah masing-masing.
2) Persiapan ratifikasi instrumen hak asasi manusia internasional
Pengesahan perangkat-perangkat hak asasi manusia Internasional akan memperkuat hukum nasional dalam upaya menjamin penghormatan, pemajuan, pemenuhan, dan perlindungan hak asasi manusia agar sesuai dengan harapan. Pengesahan perangkat-perangkat internasioanal hak asasi manusia juga diharapkan menunjang kebujaksanaan pembangunan hukum nasional yang menyesuaikan diri dengan norma-norma yang diterima secara internasional. Pengesahan perangkat-perangkat hak asasi manusia internasional dilakukan secara selektif dengan mempertimbangkan kepentingan nasional.
3) Persiapan harmonisasi peraturan perundang-undangan
Persiapan harmonisasi peraturan perundang-undangan meliputi kegiatan pengkajian ilmiah dan persiapan revisi peraturan perundang-undangan dan pembuatan peraturan perundang-undangan yang baru agar sesuai dengan standar atau norma hak asasi manusia yang diterima oleh Indonesia. Harmonisasi dilaksanakan secara arif bijaksana dan berharap dengan memperhatikan dinamika perkembangan ekonomi, sosial, politik, dan kebutuhan masyarakat Indonesia.
4) Diseminasi dan pendidikan hak asasi manusia
Keberhasilan upaya penghormatan, pemajuan, pemenuhan, dan perlindungan hak asasi manusia suatu bangsa sangat ditentukan oleh pemantapan budaya penghormatan hak asasi manusia dari bangsa tersebut melalui usaha-usaha secara sadar untuk menyamaikan, menunmbuhkan, dan meningkatkan pengetahuan dan rasa kesadaran seluruh anggota masyarakat, terutama aparat pemerintah, Dewan Perwakilan Rakyat/Dewan Perwakilan Daerah, para pendidik dan Aktivitas Lembaga Swadaya Masyarakat. Pengetahuan dan kesadaran masyarakat mengenai hak asasi manusia dapat disemaikan dan ditumbuhkan serta ditingkatkan melalui diseminasi dan pendidikan Hak Asasi Manusia dengan cara dan sarana penyampaian pada tingkat, sifat, tempat, dan waktu yang ada dan dipandang tepat. Penghormatan, pemajuan, pemenuhan, dan perlindungan Hak Asasi Manusia memerlukan proses panjang mengingat sifat Hak Asasi Manusia yang sarat nilai. Pendidikan Hak Asasi Manusia merupakan proses yang dapat berlangsung di mana saja, kapan saja, dan oleh siapa saja dalam rangka pembentukan pengetahuan, sikap, dan tingkah laku yang rasional dan bertanggungjawab terhadap pemecahan masalah-masalah Hak Asasi Manusia yang berdimensi hak sipil, politik, ekonomi, sosial, budaya dan hak, atas pembangunan menuju masyarakat adil dan makmur.
5) Penerapan norma dan standar hak asasi manusia
Dengan meratifikasi instrumen internasional hak asasi manusia, Pemerintah Republik Indonesia berarti telah menerima konsekuensi berupa kewajiban untuk melaksanakan/menerapkan norma dan standar hak asasi manusia yang terdapat dalam instrumen internasional yang telah diratifikasi tersebut. Penerapan norma dan standar hak asasi manusia ditujukan untuk meningkatkan penghormatan, pemajuan, pemenuhan, dan perlindungan hak asasi manusia pada umumnya maupun yang bersifat khusus. Program kegiatan perlindungan dan pemenuhan hak asasi manusia yang umum meliputi perlindungan hak sipil dan politik, pemenuhan hak ekonomi, sosial, dan budaya serat hak atas pembangunan. Sedangkan program kegiatan yang khusus berkaitan dengan perlindungan dan pemenuhan hak kelompok rentan (seperti anak, perempuan, dan penyandang cacat), penghapusan diskriminasi dalam segala bentuk, serta penyelesaian kasus pelanggaran hak asasi manusia berat.
6) Pemantauan, evaluasi, dan pelaporan
Pemantauan, evaluasi, dan pelaporan merupakan kegiatan yang tidak terpisahkan dari seluruh rangkaian kegiatan RANHAM untuk menjamin terlaksananya program kegiatan RANHAM sesuai dengan yang telah direncanakan. Untuk itu, dipandang perlu mengembangkan suatu mekanisme yang tepat untuk melakukan kegiatan pemantauan, evaluasi, dan pelaporan. Sebagai konsekuensi meratifikasi instrumen hak asasi manusia internasional, Pemerintah Republik Indonesia berarti telah menerima kewajiban untuk membuat laporan penerapan norma dan standar hak asasi manusia yang terkandung dalam instrumen hak asasi manusia internasional yang telah diratifikasi tersebut kepada badan PBB yang terkait.
