Southern blotting adalah teknik yang digunakan untuk mendeteksi fragmen DNA spesifik dalam sampel. Teknik blotting melibatkan pemisahan fragmen DNA berdasarkan ukuran melalui elektroforesis gel , mentransfer sampel DNA ukuran-fraksi ke membran filter, hibridisasi fragmen DNA tertentu dengan probe berlabel, urutan-spesifik, dan mendeteksi pita berlabel.
Selain identifikasi DNA spesifik dalam sampel, ukuran dan kelimpahan jenis DNA tertentu juga dapat ditentukan dengan Southern blotting. Proses yang terlibat dalam Southern blotting dijelaskan dalam artikel ini.
Topik bahasan kami tentang:
- Apa itu Southern Blotting – Definisi, Prinsip, Aplikasi 2. Bagaimana Cara Kerja Southern Blotting – Proses Southern Blotting
Istilah Kunci: DNA, Elektroforesis Gel, Probe Hibridisasi, Membran Nilon, Pencernaan Restriksi, Southern Blotting
Yang perlu anda ketahui tentang Southern Blotting?
Southern blotting adalah teknik hibridisasi yang digunakan dalam identifikasi DNA spesifik dalam sampel. Teknik ini pertama kali dikembangkan oleh Edward M. Southern pada tahun 1975. Proses ini mengidentifikasi urutan DNA, ukuran, dan kelimpahan urutan DNA tertentu dalam sampel.
Sebuah membran Southern blotting ditunjukkan pada Gambar 1.
Gambar 1: Membran Southern Blotting
Aplikasi Southern Blotting
Aplikasi Southern blotting dijelaskan di bawah ini.
- Untuk mendeteksi fragmen DNA tertentu
- Untuk mengisolasi fragmen DNA tertentu
- Untuk mengidentifikasi mutasi dan penataan ulang gen
- Dalam pengujian RFLP (polimorfisme panjang fragmen pembatasan)
- Untuk mengidentifikasi penyakit genetik
- Untuk mengidentifikasi agen infeksi
- Tes ayah
- Dalam sidik jari DNA untuk mengidentifikasi penjahat
Bagaimana Cara Kerja Southern Blotting?
Southern blotting melibatkan pemisahan fragmen DNA berdasarkan ukuran melalui elektroforesis gel, mentransfernya ke dalam membran, menghibridisasinya dengan probe berlabel spesifik urutan, dan mendeteksi pita berlabel. Langkah-langkah Southern blotting dijelaskan di bawah ini.
- Pencernaan DNA – Sampel DNA dicerna oleh enzim restriksi untuk mendapatkan fragmen DNA, dan fragmen ini diamplifikasi oleh PCR .
- Elektroforesis gel – Fragmen DNA difraksinasi dengan elektroforesis gel.
- Denaturasi – Gel dengan DNA terfraksinasi direndam dalam NaOH atau HCl untuk mendenaturasi DNA untai ganda.
- Blotting – Fragmen DNA dalam gel dipindahkan ke membran nilon bermuatan positif melalui proses yang disebut blotting.
- Memanggang dan memblokir – Kertas blotting dengan fragmen DNA dipanggang untuk memperbaiki DNA pada membran. Kemudian, tempat pengikatan yang tidak terisi dijenuhkan dengan pengobatan dengan Bovine serum albumin (BSA) atau kasein.
- Hibridisasi dengan probe berlabel – membran terikat DNA diperlakukan dengan probe berlabel yang berisi urutan nukleotida komplementer dengan fragmen DNA yang tertarik. Probe hibridisasi umumnya memiliki panjang 100-500 bp, dan diberi label dengan nukleotida radioaktif.
- Visualisasi dengan autoradiogram – Membran terikat probe divisualisasikan di bawah autoradiogram untuk mendapatkan pola dari fragmen DNA yang tertarik.
Gambar 2: Blotting Selatan
Seluruh proses Southern blotting ditunjukkan pada Gambar 2 .
Kata terakhir
Southern blotting adalah teknik hibridisasi yang digunakan dalam identifikasi urutan DNA spesifik dari sampel. Dalam proses ini, sampel DNA difraksinasi oleh enzim restriksi, dan campuran dijalankan pada gel. Kemudian, pola pita dalam gel dipindahkan ke dalam membran nilon dan dihibridisasi dengan probe berlabel, yang memungkinkan pendeteksian fragmen yang tertarik.
Sumber bacaan:
- “Blotting Selatan.” Thermo Fisher Scientific , Tersedia di sini .
Sumber gambar:
- “Selatan blot membran” Oleh Bojan unar – Karya sendiri (CC BY-SA 4.0) melalui Commons Wikimedia 2. “Gambar 17 01 05” Oleh CNX OpenStax – (CC BY 4.0) melalui Commons Wikimedia
