Perbedaan yang menonjol antara knockout gen dan knockdown adalah knockout gen melibatkan penghapusan total gen target, atau menonaktifkannya melalui mutasi yang tidak masuk akal sedangkan knockdown gen menyebabkan terjemahan protein yang gagal dan degradasi mRNA itu . Selanjutnya, knockout gen berlaku di tingkat DNA sementara knockdown gen berlaku di tingkat RNA.
Knockout gen dan knockdown gen adalah dua mekanisme untuk membungkam ekspresi gen di dalam organisme.
Topik bahasan kami tentang:
- Apa itu Knockout Gen – Pengertian, Mekanisme, Kepentingan 2. Apa Itu Gen Knockdown – Pengertian, Mekanisme, Kepentingan 3. Apa Persamaan Antara Knockout Gen dan Knockdown Gen – Garis Besar Karakteristik Umum 4. Apa Perbedaan Antara Knockout Gen dan Gen Knockdown – Perbandingan Perbedaan Kunci
Istilah Utama
CRISPR/Cas9, Endonuklease, Gen Knockdown, Gen Knockout, Pembungkaman Gen, Mutasi Omong kosong, RNAi
Yang perlu anda ketahui tentang Gen Knockout?
Knockout gen adalah teknik laboratorium pembungkaman gen yang bertanggung jawab untuk penghapusan lengkap gen dari genom atau inaktivasi gen melalui mutasi yang tidak masuk akal dengan pengenalan mutasi frameshift atau kodon stop ke urutan gen. Saat cetak biru gen dihancurkan, produk gen target juga dihilangkan. Metode ini awalnya dikembangkan dengan rekombinasi homolog . Ini melibatkan pengiriman konstruksi DNA, yang berisi mutasi yang diinginkan. Kemudian, konstruksi ini digabungkan kembali dengan gen target, menghilangkan urutan gen sepenuhnya dari genom.
Gambar 1: Gen Knockout
Selain itu, nuklease spesifik lokasi seperti ZFN dan TALEN dapat digunakan untuk melumpuhkan gen. Mereka mengikat urutan DNA target dengan cara yang sangat spesifik, meningkatkan efisiensi pengeditan gen. Di sisi lain, sistem CRISPR/Cas9 adalah metode pengeditan genom yang dapat digunakan untuk knockout gen.
Yang perlu anda ketahui tentang Gen Knockdown
Knockdown gen adalah metode lain dari pembungkaman gen yang bertanggung jawab atas inaktivasi sementara produk gen tertentu. Ini berlaku di tingkat RNA dan menargetkan mRNA yang dihasilkan oleh transkripsi gen target. Maka dari itu, knockdown gen adalah bentuk regulasi ekspresi gen pasca-transkripsi.
Gambar 2: Gen Knockdown
Secara signifikan, ini terutama didasarkan pada jalur interferensi RNA ( RNAi ) dengan memungkinkan degradasi mRNA. Di sini, miRNA , siRNA , dan shRNA memainkan peran kunci dengan mengikat mRNA target. Dupleks RNA yang dihasilkan terdegradasi oleh aksi Dicer dan RISC. Mereka akan mematikan ekspresi gen yang diinginkan untuk sementara.
Persamaan Antara Gene Knockout dan Gene Knockdown
- Knockout gen dan knockdown gen adalah dua mekanisme pembungkaman gen dalam sel.
- Mereka bertanggung jawab atas regulasi ekspresi gen pada tingkat yang berbeda.
- Maka dari itu, mereka menghasilkan perubahan fungsi gen.
- Selain itu, kedua metode tersebut digunakan dalam biologi molekuler untuk mengubah ekspresi gen organisme yang berbeda.
Perbedaan Antara Knockout Gen dan Knockdown Gen
Definisi
Knockout gen adalah istilah untuk perubahan permanen dalam DNA yang menyebabkan hilangnya fungsi gen, yang disebabkan oleh manipulasi DNA organisme sementara knockdown gen adalah istilah untuk penurunan sementara ekspresi gen yang disebabkan oleh teknik eksperimental, seringkali oligo antisense. Jadi, inilah perbedaan mendasar antara knockout gen dan knockdown.
Pentingnya
Perbedaan yang menonjol antara knockout gen dan knockdown adalah knockout gen melibatkan penghapusan total gen target atau menonaktifkannya melalui mutasi yang tidak masuk akal sementara knockdown gen mengarah pada terjemahan protein yang gagal dan degradasi mRNA itu.
Memengaruhi
Lebih jauh lagi, sementara knockout gen adalah metode pembungkaman gen permanen, knockdown gen adalah metode pembungkaman gen sementara.
Tingkat Efektif
Selain itu, knockout gen efektif pada tingkat DNA sementara knockdown gen efektif pada tingkat RNA. Maka dari itu, ini adalah perbedaan lain antara knockout gen dan knockdown.
Mekanisme
Rekombinasi homolog, endonuklease, dan CRISPR/Cas9 adalah beberapa mekanisme untuk knockout gen sementara interferensi RNA adalah mekanisme utama untuk knockdown gen. Jadi, ini juga merupakan perbedaan penting antara knockout gen dan knockdown.
Kata terakhir
Knockout gen adalah metode pembungkaman gen yang berlaku di tingkat DNA. Ini bertanggung jawab atas penghapusan total gen target atau menonaktifkannya melalui mutasi yang tidak masuk akal. Sebaliknya, knockdown gen adalah metode pembungkaman gen yang berlaku di tingkat RNA. Ini bertanggung jawab untuk inaktivasi sementara ekspresi gen dengan menurunkan mRNA. Maka dari itu, Perbedaan yang menonjol antara knockout gen dan knockdown adalah mekanisme pembungkaman gen.
Sumber bacaan:
- Davis, E D. “Knockout oleh TALEN atau CRISPR vs. Knockdown oleh ShRNA atau SiRNA.” Genecopoeia , GeneCopoeia, Inc., 2014, Tersedia Di Sini .
Sumber gambar:
- “Mutasi Frameshift (13080927393)” Oleh Program Pendidikan Genomics – Mutasi Frameshift ( CC BY 2.0 ) melalui Commons Wikimedia 2. “Mekanisme interferensi RNA” Oleh Simone Mocellin dan Maurizio Provenzano – Interferensi RNA: mempelajari knock-down gen dari fisiologi sel doi: 10.1186/1479-5876-2-39 ( CC BY 2.0 ) melalui Commons Wikimedia
