Perbedaan yang menonjol antara RAPD dan RFLP adalah RAPD adalah jenis PCR yang mengamplifikasi fragmen acak DNA dalam templat besar dengan menggunakan primer pendek sedangkan, dalam RFLP, satu atau lebih enzim restriksi mencerna sampel DNA, menghasilkan fragmen restriksi kemudian dipisahkan oleh elektroforesis gel. Maka dari itu, RADP hanya membutuhkan sejumlah kecil DNA untuk pengujian sementara RFLP membutuhkan sejumlah besar DNA. Selanjutnya, RAPD merupakan proses yang cepat, yang dapat mendeteksi 1-10 lokus sedangkan RFLP merupakan proses yang lebih lambat, yang hanya dapat mendeteksi 1-3 lokus. Selain itu, RAPD tidak dapat mendeteksi varian alelik sedangkan RFLP dapat mendeteksi varian alelik.
RAPD (random amplified polymorphic DNA) dan RFLP (restriction fragment length polymorphism) adalah dua teknik dalam biologi molekuler untuk mendeteksi penanda genetik, yaitu sekuens DNA pendek, yang memanfaatkan variasi DNA homolog.
Topik bahasan kami tentang:
- Apa itu RAPD – Pengertian, Prosedur, Kepentingannya 2. Apa itu RFLP – Pengertian, Prosedur, Kepentingan 3. Apa Persamaan Antara RAPD dan RFLP – Garis Besar Ciri-ciri Umum 4. Apa Perbedaan Antara RAPD dan RFLP – Perbandingan Perbedaan Kunci
Istilah Utama
Penanda Genetik, PCR, RAPD, Pencernaan Restriksi, RFLP
Yang perlu anda ketahui tentang RAPD?
RAPD atau DNA polimorfik amplifikasi acak adalah metode cepat berbasis PCR untuk mendeteksi variasi DNA. Dua laboratorium (Williams et. al., 1990; Welsh dan McClelland, 1990) secara independen mengembangkan teknik ini. Selain itu, RAPD menggunakan primer tunggal yang sewenang-wenang untuk amplifikasi banyak produk DNA diskrit. Langkah-langkah yang dilakukan dalam RAPD adalah sebagai berikut:
- ekstraksi DNA
- Amplifikasi oleh primer acak
- Elektroforesis gel dan visualisasi penanda
Gambar 1: Keanekaragaman Selada Berdasarkan Penanda RAPD
Selanjutnya, dengan menyelesaikan pola yang dihasilkan, profil DNA semi-unik dari sampel DNA tertentu dapat dihasilkan. Karena spesifisitas yang lebih rendah dari primer acak yang digunakan dalam pengujian, secara komparatif jumlah lokus yang lebih tinggi dapat diamplifikasi per primer acak. Namun, RAPD adalah teknik penting untuk pemetaan gen, genetika populasi, genetika evolusi molekuler, pemuliaan hewan dan tumbuhan, dll. Selain itu, sangat penting untuk pemula dalam hal kecepatan, biaya, efisiensi serta jumlah penanda yang dihasilkan.
Yang perlu anda ketahui tentang RFLP
RFLP atau polimorfisme panjang restriksi adalah metode yang memanfaatkan variasi dalam DNA homolog. Ini juga merupakan metode yang terkenal karena kekuatan diskriminasinya. Namun, karena RFLP adalah metode berbasis non-PCR, ia menggunakan enzim restriksi untuk menghasilkan fragmen genom. Selanjutnya, RFLP mendeteksi variasi panjang fragmen restriksi antar individu. Tiga langkah yang terlibat dalam RFLP adalah sebagai berikut:
- Pembatasan pencernaan DNA
- Elektroforesis gel
- Southern blotting dengan probe dan deteksi spesifik
Gambar 2: Deteksi Varian Alel oleh RFLP
Selain itu, enzim restriksi yang digunakan dalam proses ini unik untuk sekuens DNA tertentu. Ketika urutan pengenalan enzim restriksi lebih pendek, lebih banyak fragmen dapat dihasilkan. Selain itu, RFLP penting dalam genotipe, forensik, pengujian paternitas, deteksi pola penyakit keturunan, dan deteksi pembawa penyakit. Namun, ini adalah proses padat karya dan memakan waktu, yang membutuhkan sejumlah besar DNA.
Persamaan Antara RAPD dan RFLP
- RAPD dan RFLP adalah dua teknik dalam biologi molekuler untuk mendeteksi penanda genetik, yang memanfaatkan variasi dalam DNA homolog.
- Mereka mendeteksi polimorfisme DNA yang diperlukan untuk pemetaan genetik, sidik jari genom, dan untuk penyelidikan keterkaitan genetik.
- Maka dari itu, mereka membantu membedakan individu, spesies atau populasi.
- Selain itu, kedua metode menggunakan jumlah total DNA dalam genom untuk analisis.
Perbedaan Antara RAPD dan RFLP
Definisi
RAPD (random amplified polymorphic DNA) adalah istilah untuk teknik berbasis PCR untuk mengidentifikasi variasi genetik sementara RFLP (restriction fragment length polymorphism) adalah istilah untuk metode molekuler analisis genetik, yang memungkinkan individu untuk diidentifikasi berdasarkan pola unik pemotongan enzim restriksi dalam daerah tertentu dari DNA.
Jenis metode
Selain itu, RAPD adalah metode berbasis PCR sedangkan RFLP adalah metode berbasis non-PCR.
metode
Sementara RAPD melibatkan amplifikasi penanda genetik dalam genom dengan menggunakan primer acak, RFLP melibatkan pencernaan restriksi DNA genom.
Kuantitas DNA
Selain itu, RAPD membutuhkan sejumlah kecil DNA (10-50 ng) untuk analisis sementara RFLP membutuhkan jumlah DNA yang relatif besar (2-10 g).
Spesifisitas untuk Spesies
RAPD menggunakan primer acak universal untuk spesies apa pun sementara RFLP menggunakan probe spesifik spesies yang berbeda.
Efisiensi
Selanjutnya, RAPD memiliki langkah yang lebih sedikit dan merupakan proses yang cepat sedangkan RFLP memiliki lebih banyak langkah karena merupakan proses yang lambat.
Keandalan
RAPD kurang dapat diandalkan sementara RFLP lebih dapat diandalkan.
Kapasitas Deteksi
Perbedaan lain antara RAPD dan RFLP adalah RAPD dapat mendeteksi 1-10 lokus sedangkan RFLP hanya dapat mendeteksi 1-3 lokus.
Deteksi Varian Alel
Selanjutnya, RAPD tidak dapat mendeteksi varian alelik sedangkan RFLP dapat mendeteksi varian alelik.
Pentingnya
RAPD adalah teknik penting untuk pemetaan gen, genetika populasi, genetika evolusi molekuler, pemuliaan hewan dan tumbuhan, dll. Sementara RFLP penting dalam genotipe, forensik, pengujian paternitas, deteksi pola pada penyakit keturunan, dan dalam deteksi pembawa penyakit .
Kata terakhir
RAPD adalah teknik berbasis PCR untuk mendeteksi penanda genetik yang ada dalam suatu genom. Selain itu, menggunakan primer acak untuk amplifikasi penanda ini. Karena RAPD adalah teknik berbasis PCR, hanya membutuhkan sedikit DNA. Selain itu, ini adalah metode yang cepat tetapi tidak dapat mendeteksi varian alelik. Sebaliknya, RFLP adalah metode berbasis non-PCR yang mendeteksi variasi DNA dalam genom. Namun, ia menggunakan pencernaan restriksi DNA, Southern blotting dan deteksi sekuens dengan menggunakan probe spesifik. Maka dari itu, ini adalah metode yang lebih dapat diandalkan. Tapi, itu membutuhkan sejumlah besar DNA. Maka dari itu, Perbedaan yang menonjol antara RAPD dan RFLP adalah prosedur dan kepentingannya.
Sumber bacaan:
- “DNA Polimorfik Amplifikasi Acak (RAPD).” Pusat Informasi Bioteknologi Nasional, Perpustakaan Kedokteran Nasional AS, Tersedia Di Sini . 2. “Polimorfisme Panjang Fragmen Pembatasan (RFLP).” Pusat Informasi Bioteknologi Nasional, Perpustakaan Kedokteran Nasional AS, Tersedia Di Sini .
Sumber gambar:
- “RAPD” Oleh Llull~commonswiki diasumsikan – Pekerjaan sendiri diasumsikan ( Domain Publik ) melalui Commons Wikimedia 2. “RFLP-figure” Oleh Kenneth.jh.han – Karya sendiri ( CC BY-SA 3.0 ) melalui Commons Wikimedia
