Peptida adalah molekul yang dihasilkan dari penyatuan dua atau lebih asam amino (AA) melalui ikatan amida. Dalam peptida dan protein, ikatan amida ini disebut ikatan peptida dan merupakan hasil reaksi dari gugus karboksil dari satu AA dengan gugus amino yang lain, dengan menghilangkan satu molekul air. Menurut penulis, umumnya dianggap bahwa peptida tidak lebih besar dari 50 atau 100 asam amino. Juga umumnya, rantai polipeptida dianggap sebagai peptida dan bukan protein jika berat molekulnya kurang dari 5.000 dalton.
Peptida mengikat ikatan amida antara molekul polipeptida dan protein asam amino, juga dikenal sebagai rantai peptida. Sebuah ikatan kovalen adalah karakteristik dari ikatan peptida dan sangat penting untuk sintesis peptida normal. Dengan kata lain, ikatan peptida menghubungkan asam amino dalam urutan tertentu yang menciptakan polimer protein dan mengarahkan pembentukan unik, tiga-dimensi (struktur 3D). Tanpa ikatan peptida, reaksi penting yang melibatkan asam amino menjadi terhambat.
Dalam hal kimia molekul, menghubungkan dua atau lebih asam amino membentuk molekul peptida. Bentuk-bentuk ikatan peptida di mana molekul asam karboksilat bereaksi dengan gugus amino dalam molekul asam amino berikutnya. Molekul yang dihasilkan adalah dipeptida – dua asam amino dihubungkan oleh ikatan peptida. Ikatan peptida unik untuk gugus amino yang menghubungkan mereka.
Proses sintesis peptida, atau sintesis protein, melibatkan pembentukan rantai peptida dan serangkaian reaksi biokimia dengan berbagai jenis molekul asam ribonukleat (RNA) – messenger, ribosom dan RNA transfer – dan asam amino. Sintesis protein terjadi sewaktu ribosom menerjemahkan messenger RNA (mRNA), dan bentuk-bentuk ikatan peptida antara dua molekul asam amino setelah translasi. Setiap peptida waktu pengikatan terjadi, asam amino baru ditambahkan ke apa yang disebut rantai polipeptida. Dalam beberapa keadaan, beberapa ribosom dapat menerjemahkan untai sama mRNA, yang menghasilkan duplikasi ikatan peptida dan, dengan demikian, duplikat rantai peptida.
Bila sintesis protein selesai, rantai polipeptida dilepaskan oleh reaksi dikatalisasi-enzim dan membentuk struktur 3D yang menjadi protein biologis aktif. Efektivitas beberapa antibiotik digunakan untuk mengobati infeksi bakteri didasarkan pada pengikatan peptida selama sintesis protein. Dengan mengganggu pembentukan protein yang dibutuhkan oleh bakteri, antibiotik dapat menghentikan bakteri dari berkembang biak.
Antibiotik yang menghambat ikatan peptida juga menghambat sintesis protein. Banyak antibiotik tidak dapat menargetkan sel-sel yang tidak sehat secara khusus, sehingga mereka akhirnya mempengaruhi sel-sel sehat selama proses tersebut, meskipun ada beberapa obat yang hanya bertindak pada sel bakteri dengan menargetkan bakteri ribosom. Mekanisme kerja untuk antibiotik dapat mencegah transkripsi RNA atau pertumbuhan rantai peptida dengan menghambat pembentukan ikatan peptida. Mekanisme lain termasuk lengkap pengkodean dan pencegahan RNA transkripsi (tRNA) protein, yang semuanya mengandalkan biokimia-dimediasi peptida mengikat.
Sebuah kebutuhan bagi perusahaan sintesis peptida muncul sebagai akibat dari permintaan dari tim penelitian dan pengembangan dibebankan dengan pengembangan antibiotik baru. Dalam-permintaan layanan peptida ubahsuaian termasuk sequencing dengan spektrometri massa, atau pengembangan katalog peptida atau perpustakaan peptida. Beberapa penyedia layanan ini juga menyediakan peptida dimodifikasi dan bahan sintesis.
Pengertian Peptida
Peptida adalah molekul yang terdiri dari dua atau lebih asam amino yang dihubungkan bersama oleh ikatan peptida. Struktur umum asam amino adalah: R-CH (NH2) COOH.
Setiap asam amino adalah monomer yang membentuk rantai polimer peptida dengan asam amino lainnya ketika gugus karboksil (-COOH) dari satu asam amino bereaksi dengan gugus amino (-NH2) dari asam amino lain, membentuk ikatan kovalen antara asam amino residu dan melepaskan molekul air.
Istilah dalam Peptida
- Peptida adalah polimer yang dibentuk dengan menghubungkan subunit asam amino.
Molekul peptida dapat aktif secara biologis sendiri atau dapat bertindak sebagai subunit untuk molekul yang lebih besar. - Protein pada dasarnya adalah peptida yang sangat besar, seringkali terdiri dari beberapa subunit peptida.
- Peptida penting dalam biologi, kimia, dan obat-obatan karena mereka membangun hormon, racun, protein, enzim, sel, dan jaringan tubuh.
Fungsi
Peptida adalah molekul yang penting secara biologis dan medis. Mereka secara alami terjadi di dalam organisme, ditambah senyawa yang disintesis di laboratorium aktif ketika dimasukkan ke dalam tubuh.
Peptida bertindak sebagai komponen struktural sel dan jaringan, hormon, racun, antibiotik, dan enzim. Contoh peptida termasuk hormon oksitosin, glutathione (merangsang pertumbuhan jaringan), melittin (racun lebah madu), hormon insulin pankreas, dan glukagon (faktor hiperglikemik).
Perpaduan
Ribosom dalam sel membentuk banyak peptida, karena RNA diterjemahkan menjadi sekuens asam amino dan residu dihubungkan bersama. Ada juga peptida nonribosom, yang dibangun oleh enzim daripada ribosom.
Dalam kedua kasus tersebut, begitu asam amino dihubungkan, asam amino tersebut mengalami modifikasi posttranslasional. Ini mungkin termasuk hidroksilasi, sulfonasi, glikosilasi, dan fosforilasi. Sementara sebagian besar peptida adalah molekul linier, beberapa bentuk cincin atau struktur lariat. Lebih jarang, asam L-amino mengalami rasemisasi untuk membentuk asam D-amino dalam peptida.
Perbedaan Peptida dan Protein
Istilah “peptida” dan “protein” umumnya membingungkan. Tidak semua peptida membentuk protein, tetapi semua protein terdiri dari peptida. Protein adalah peptida besar (polipeptida) yang mengandung 50 atau lebih asam amino atau molekul yang terdiri dari beberapa sub unit peptida. Juga, protein biasanya menampilkan struktur yang lebih kompleks daripada peptida yang lebih sederhana.
Kelas Peptida
Peptida dapat diklasifikasikan berdasarkan fungsinya atau dari sumbernya. Buku Pegangan Peptida Aktif Secara Biologis mencantumkan kelompok peptida, termasuk:
- Peptida antibiotik
- Peptida bakteri
- Peptida otak
- Peptida kanker dan antikanker
- Peptida kardiovaskuler
- Peptida endokrin
- Peptida jamur
- Peptida gastrointestinal
- Peptida invertebrata
- Peptida opiat
- Peptida tanaman
- Peptida ginjal
- Peptida pernapasan
- Peptida vaksin
- Peptida racun
Penamaan Peptida
Peptida diberi nama sesuai dengan berapa banyak residu asam amino yang dikandungnya atau sesuai dengan fungsinya:
- Monopeptida: terdiri dari satu asam amino
- Dipeptida: terdiri dari dua asam amino
- Tripeptida: memiliki tiga asam amino
- Tetrapeptida: memiliki empat asam amino
- Pentapeptida: memiliki lima asam amino
- Heksapeptida: memiliki enam asam amino
- Heptapeptida: memiliki tujuh asam amino
- Oktapeptida: memiliki delapan asam amino
- Nonapeptida: memiliki sembilan asam amino
- Dekapeptida: memiliki sepuluh asam amino
- Oligopeptida: terdiri dari antara dua dan dua puluh asam amino
- Polipeptida: rantai linier dari banyak asam amino yang dihubungkan oleh ikatan amida atau peptida
- Protein: terdiri dari lebih dari 50 asam amino atau banyak polipeptida
- Lipopeptida: terdiri dari peptida yang terikat pada lipid
- Neuropeptida: setiap peptida yang aktif dalam jaringan saraf
- Agen peptidergik: bahan kimia yang memodulasi fungsi peptida
- Proteosa: peptida yang dihasilkan oleh hidrolisis protein
Struktur Peptida
Peptida terbentuk ketika gugus karboksil dari suatu asam amino bereaksi dengan gugus amin ( amine group ) dari asam amino lain. Reaksi ini menyebabkan pelepasan 1 molekul air (H2O) tiap pembentukan 1 ikatan peptida.
Sifat Peptida
Sifat Fisik peptida:
- Peptida memiliki ukuran molekul yang relative kecil, dengan berat molekul (BM) yang kecil yaitu kurang dari 10.000
Sifat Kimiawi :
- Peptida merupakan senyawa bioaktif seperti antibody dan racun, serta memiliki komposisi asam amino yang tidak umum seperti Homolog lysine
- Peptida resisten terhadap protease yang dihasilkan oleh mikroflora usus
- Peptida memiliki sifat seperti candu (missal: exorphins)
- Memiliki sifat memodifikasi sifat imunitas
- Menghambat kerja enzim
- Antipenggumpalan darah (Anthrombotic)
- Anti-hipertensi
- Penghantar kation
- Memodifikasi kerja hormone pencernaan
- Dapat dipisahkan menjadi beberapa komponen peptida dengan teknik elektroforesis
Sifat sensori :
- Memiliki rasa gurih
- Rasa gurih ini disebabkan karena adanya L-glutamat, Inosin Monofosfat (IMP), dan Guanin Monofosfat (GMP)
- Sumber makanannya misalnya dari ikan, kerang, jamur, brokoli, tomat yang dipanggang, dll.
Jenis peptida
Ketika peptida kurang dari 10 AA, itu adalah oligopeptida (dipeptida, tripeptida, dll.). Ketika mengandung antara 10 dan 50 AA, itu adalah polipeptida dan jika jumlah AA lebih besar, itu mengacu pada protein. Pada makhluk hidup, Anda dapat menemukan protein yang terdiri lebih dari 1000 AA.
Terlepas dari panjang rantai polipeptida, akan selalu ada gugus NH2 yang tidak bereaksi (amino terminus) dan gugus COOH yang belum bereaksi baik (karboksil terminus). Setiap peptida atau polipeptida secara konvensional ditulis dari kiri ke kanan, mulai dari N-terminus dengan gugus amino bebas dan berakhir di C-terminus dengan gugus karboksil bebas. Ketika menamai oligopeptida, yang melindungi gugus karboksil dianggap sebagai AA utama. Sisa AA disebut sebagai substituen, dimulai dengan AA yang menempati ujung amino. Jadi, misalnya, tripeptide Pro-Tyr-Lys akan disebut prolyl-tyrosyl-lysine.